El juego se desarrolla en tercera persona y combina combate con espadas, sigilo y exploración. Los jugadores pueden usar un variado arsenal de armas, como la katana tradicional (incluyendo doble empuñadura ), la tanegashima , la ōdachi , la yari , la kusarigama y el tradicional kaginawa (gancho de agarre), lo que permite diversos enfoques tácticos. Entre las novedades se incluyen efectos climáticos dinámicos como nieve, lluvia y auroras, inspirados en el entorno real del Monte Yōtei.
Además, una estructura de misiones flexible y no lineal permite a los jugadores elegir el orden en el que se enfrentan a los Seis de Yōtei, lo que fomenta caminos narrativos emergentes y un impulso impulsado por el jugador. Los jugadores también podrán asumir misiones secundarias, similares al primer juego, con nuevo contenido como la caza de forajidos para obtener recompensas. Varias actividades secundarias están disponibles para los jugadores; bañarse en un onsen y cortar bambú regresan de Tsushima , junto con nuevas actividades que incluyen pintura sumi-e y establecer un campamento donde Atsu puede cocinar y tocar su shamisen . Además del Modo Kurosawa que regresa de Tsushima , Yōtei presenta dos modos adicionales basados en los estilos cinematográficos de Takashi Miike y Shinichirō Watanabe .