La historia comienza cuando conocemos a Komi-san, la chica más popular de la Academia Itan. Todos los estudiantes la consideran hermosa e inalcanzable y por lo mismo no se atreven a acercarse a ella. Tadano-kun, un chico bastante común pero con una excelente habilidad para leer a la gente, comienza a percatarse de la verdad sobre esta solitaria chica.
Komi-san sufre de una ansiedad social muy severa que le impide comunicarse verbalmente con los demás. Cada vez que alguien le habla sale corriendo y lo aleja con una mirada bastante espeluznante. Tadano-kun comienza a darse cuenta de esto y le ofrece su ayuda para superar su ansiedad social. El objetivo es conseguirle 100 amigos, el problema es que en la Academia Itan las personas son un tanto peculiares y acercarse a ellos podría ser más difícil de lo que esperaban.
Este anime de vida escolar podría parecer un tanto cliché con una chica tímida y un chico que quiere protegerla. No obstante, esta tierna y divertida historia no recae en esta relación, sino en la dinámica con el resto de los personajes.
