Cada jugador tiene un mazo idéntico de 25 cartas, del cual elige un líder. Las habilidades del líder alteran enormemente la estrategia y la jugabilidad de las demás cartas del mazo, lo que permite jugar de 25 maneras diferentes.
En el juego, los jugadores se turnan para colocar cartas y atacar. Cada carta puede activarse de diversas maneras, asumiendo capacidades ofensivas en las primeras filas de la unidad o poderes de apoyo en las últimas. Las cartas también pueden jugarse como órdenes: poderosos efectos únicos que pueden cambiar el curso de la batalla.
El juego continúa hasta que el líder de cualquiera de los jugadores sea derrotado. Una partida típica se juega al mejor de tres o cinco rondas.
Pixel Tactics 2 se desarrolla en el mismo mundo y utiliza muchos de los personajes de BattleCON: War of Indines de Level 99 Games , pero su jugabilidad no está relacionada en absoluto.